Los museos de la iglesia deben ser una escuela de promoción humana y un instrumento de catequesis, a la vez que tratan de custodiar, conservar y difundir las piezas u obras que en su interior acogen con el fin de presentar a futuras generaciones las distintas expresiones de fe que nos han dejado nuestros antepasados.
El Museo de Covadonga ocupa dos plantas (baja y primera) del antiguo Hostal Favila, de los arquitectos Miguel Ángel García-Lomas y Urbano Manchobas, construido entre 1920 y 1931. En diciembre de 2023, este museo reabre sus puertas tras una renovación integral. Esta actuación busca la puesta en valor de la singular trascendencia histórica, religiosa y paisajística del Santuario y Real Sitio de Nuestra Señora de Covadonga con la reinterpretación de sus colecciones, que han sido estudiadas y documentadas de forma rigurosa y exhaustiva por el grupo de investigadores Yayoi Kawamura, Javier González Santos, Javier Barón Thaidigsmann y Alfonso Palacio, bajo la coordinación del profesor Vidal de la Madrid.
Además de la historia del conjunto arquitectónico, se podrán conocer durante su recorrido las 133 piezas que conforman la colección del Real Sitio y el conjunto de 17 retratos de la Serie Cronológica de los Reyes de España (José de Madrazo) propiedad del Museo Nacional del Prado, y en depósito en el Museo de Covadonga desde 1884.