Los museos de la iglesia deben ser una escuela de promoción humana y un instrumento de catequesis, a la vez que tratarán de custodiar, conservar y difundir las piezas u obras que en su interior acogen con el fin de presentar a futuras generaciones las distintas expresiones de fe que nos han dejado nuestros antepasados.
En un primer momento el Museo de Covadonga acogió las ofrendas que a través de los tiempos han ido depositando los fieles en agradecimiento a la Virgen, como es tradicional en muchos santuarios. Esos exvotos estuvieron durante años expuestos en un salón situado dentro de la Casa Capitular (frente a la basílica), y popularmente era conocido como el Tesoro de la Santina.
Con motivo del centenario de la Basílica, en el año 2001, el Museo de Covadonga se trasladó al edificio de la Escolanía, un grande y noble edificio donde se realizó la exposición titulada Covandoga, Iconografía de una devoción. En la nueva ubicación se dignificaron y modernizaron las instalaciones según los materiales y tendencias actuales para exponer la importante colección.
El actual museo acoge gran parte de las piezas expuestas en dicha exposición a las que se han sumado los fondos propios del museo. De este modo, el visitante podrá conocer la historia y las distintas transformaciones que ha sufrido el Santuario, desde la época de D. Pelayo hasta nuestros días, a través de pinturas, fotografías antiguas, tallas religiosas, piezas de orfebrería, textiles, joyas y otros objetos entre los que destacan la Corona de la Virgen de Covadonga y la del Niño Jesús.